mysql 5.6 kuracaksın sanırım 5.5 işini görmez mi?
Şu şekilde 5.5 kurabilirsiniz hiç bir sorun da yaşamazsınız.
cd /usr
portsnap fetch extract
cd /usr/ports/databases/mysql55-server
make install clean BATCH=yes
chown -R mysql /var/db/mysql/
chgrp -R mysql /var/db/mysql/
echo 'mysql_enable="YES"' >> /etc/rc.conf
/usr/local/bin/mysqld_safe --user=mysql &
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server onestart
rehash
mysql
mysql> flush privileges;
mysql> use mysql;
mysql> update user set Password=Password('1234567'),Host='%' where User='root' and Host='localhost';
mysql> quit
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server onerestart
reboot
yaparsan otomatik olarak kurulumunu sağlayacaktır.
Ve ek olarak 2.komutun işlemi 30dk gibi uzun zaman sürebilir, bu sürede putty açık kalsın ve farklı bir işlem yapmayın bekleyin bittiğinde zaten tekrar komut satırı aktif olacak.