1 Kasım 1958`te New York, Amerika`da dünyaya geldi. Sinemaya ilgisi çok küçük yaşlarda başlayan Kaufman, anne ve babasına hazırladığı oyunları sergiliyordu. Çocukluk ve ilk gençlik yılları West Hartford, Connecticut`ta geçti. 1974 yılında anne babası ve ablasıyla birlikte, birçok ünlünün de yaşadığı Massapequa, Long Island`a taşındı. Her zaman çok zeki ve iyi bir öğrenci olan Kaufman, içine kapalı, sessiz ve utangaç bir çocuktu. Kurumsallaşmaya karşı olduğu için okul ilk önceliği değildi. Drama kulübünün organize ettiği çalışma için 3 yıl boyunca bir TV şirketinde bulunan Kaufman, okulunun aralarında Dr. Jekyll and Mr. Hyde`da olan çeşitli komedi oyunlarında performans gösterdi. Woody Allen`ın Play It Again, Sam`inin yanı sıra On A Clear Day ve Up the Down Staircase isimli oyunlarda da başroldeydi. Okulun güzel sanatlar bursu Diane T. Weldon Scholarship for Achievement`ı alarak onurlandırıldıktan sonra mezun olan Kaufman, Boston University`ye kaydoldu. Ancak buradaki eğitiminden memnun kalmayınca NYU`de sinema üzerine okumaya başladı. Chris Columbus`la sınıf arkadaşı da olan Kaufman, en iyi dostlarından biri olacak Paul Proch`la da o yıllarda tanıştı. Proch`la birlikte senaryo yazmaya başladılar ve yazı başına 25 dolar aldıkları National Lampoon dergisiyle çalıştılar. Charlie ve Paul`un ortaklığı okuldan sonra da devam etti ve gazeteci John Mitchell, ikilinin yazdığı Purely Coincidental isimli senaryo için çok olumlu yorumlarda bulundu. İkili senaryolarını Steven Spielberg ve Alan Arkin`e de göndermişlerdi.
