Gökçeler Kanyonu, Muğla ilinde bulunan bir kanyondur.
Kanyon, Muğla ili Milas ilçesine bağlı Gökçeler ve Karacahisar köyleri arasında yer almaktadır. yaklaşık 8 kilometre uzunluğundadır. Hamzabey Çayı olarak da bilinen Değirmen Çayı, kanyonun içinden geçmektedir. Kanyondaki dere üzerinde geçmişte 14'e yakın un değirmeni olduğu tahmin edilmektedir, üç değirmen kalıntısı ise hala mevcuttur. Kanyonda irili ufaklı 30'a yakın mağara bulunmaktadır ve bunların en önemlileri İncirliin Mağarası ve Çatal Mağarasıdır. İncirliin Mağarası zaten ziyarete açıkken, Çatal Mağarası bilimsel keşifler için beklemektedir. Kanyonda arkeolojik buluntular keşfedilmiştir.