Bugün Ekvator Ginesi olan ülke toprakları ilk olarak 16.yy başlarında Portekiz tarafından Fernando Póo ismi ile elde edilmiştir. 1778 yılında Portekiz bölgeden İspanya lehine çekilerek, İspanya'nın Sahraaltı Afrika'sındaki tek sömürge ve koloni sisteminin kurulmasının önünü açmıştır. İspanya her ne kadar 19.yy'da Bioko adasında Plantasyon kursa da, bölgenin kolonileşmesine ve sömürge sisteminin kurulmasına 1926 yılında başlamıştır ve 20.yy başlarında Mbini, Bioko ve Annobón adalarının oluşturduğu İspanyol Gine Körfezi Toprakları (Territorios Españoles del Golfo de Guinea) kolonisi kurulmuştur. Bölge 1963 yılında Ekvator Ginesi (İspanyolca: Guinea Ecuatorial) adı ile özerkliğini kazanmış, 12 Kasım 1968 tarihinde ise bağımsızlığına kavuşmuştur. Bağımsızlık ilanından üç hafta önce Francisco Macías Nguema ülkenin devlet başkanı olarak seçilerek göreve başlamıştır.
