DNA düzeyindeki modifikasyonları üçe ayırabiliriz:
- DNA metilasyonu (Kovalent DNA modifikasyonları)
- Nonkovalent DNA modifikasyonları
- Transkripsiyon faktörleri tarafından feed-forward otoregülasyon (Kovalent ve nonkovalent)
Bu modifikasyonların arasından DNA metilasyonu en bilinen ve en işlevsel olanıdır.