rRNA klinik öneme sahip çeşitli antibiyotiklerin hedefidir: kloramfenikol, eritromisin, kasugamisin, mikrokoksin, paromomisin, risin, sarsin, spektinomisin, streptomisin ve tiostrepton.rRNA, tüm canlı tiplerinde en az farklılık gösteren gen grubudur. Bu yüzden rRNA kodlayıcı genlerinin (rDNA) dizileri o organizmanın taksonomik grubunu belirlemekte kullanılır. Bu dizilerin analizi ile o organizmayla evrimsel olarak akraba olan diğer gruplar belirlenebilir ve türlerin ortak atalardan ayrışma hızları tahmin edilebilir. Bu amaçla binlerce organizmanın rRNA dizileri çözülmüştür ve bu bilgiler RDP-II ve SSU gibi özel veritabanlarında saklanır.
