Müze, Faenza yolu üzerinde Cenacolo di Fuligno yapıları içinde 1870 yılında kral II Victor Emmanuel'in varlığında törenle açıldı. O zaman sadece Etrurya ve Roma kalıntılarını içeriyordu. Koleksiyonun genişlemesi nedeniyle yer bir yer gereksinimi doğdu ve 1880 yılında müze kendisinin halihazırdaki yerine taşındı.
Koleksiyonun ilk eseas dayanağı Medici ve Lorraine ailelerinin koleksinlarına dayanıyordu. Bunların çoğu 1890 yılına kadar Uffizi'den transfer edilmişti(mermer heykel koleksiyonları hariç, bunların mülkiyeti o zaman Uffizi'deydi). Mısır bölümü ilkin 18nci yüzyılın ilk yarısında Pierre Léopold de Toscane'nin koleksiyon parçalarından oluşturuldu. Diğer bir hareket 1828-29 yılında aynı Büyük Dük tarafından Ippolito Rosellini ve Champollion (hiyogrolif yazısının şifresini ilk çözen kişi) yapıldı. 1987 yılında Etrurya üzerinde bir yeni topografik müze eklendi, fakat o 1966 yılındaki sel baskınında tahrip oldu.
Koleksiyonun ilk eseas dayanağı Medici ve Lorraine ailelerinin koleksinlarına dayanıyordu. Bunların çoğu 1890 yılına kadar Uffizi'den transfer edilmişti(mermer heykel koleksiyonları hariç, bunların mülkiyeti o zaman Uffizi'deydi). Mısır bölümü ilkin 18nci yüzyılın ilk yarısında Pierre Léopold de Toscane'nin koleksiyon parçalarından oluşturuldu. Diğer bir hareket 1828-29 yılında aynı Büyük Dük tarafından Ippolito Rosellini ve Champollion (hiyogrolif yazısının şifresini ilk çözen kişi) yapıldı. 1987 yılında Etrurya üzerinde bir yeni topografik müze eklendi, fakat o 1966 yılındaki sel baskınında tahrip oldu.
