HERAKLES Otomatik Avlı kalıcı sunucu. 19 Haziran'da açılıyor. Atius & Wizard güvencesiyle hemen kayıt ol, ön kayıt ödülleri aktif. HEMEN TIKLA!
Peptit ve proteinlerin birincil yapısı, bu moleküllerin yapı birimleri olan amino asitlerin doğrusal sırası, veya daha genel olarak, bir proteini oluşturan atomlar arasındaki kovalent bağların spesifikasyonudur.
Tanım
Protein yapısını birincil, ikincil ve üçüncül olarak ayrılması 1951'de Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang tarafından önerilmiştir. Linderstrøm-Lang, proteinin katlanmamış yapısına birincil yapı, protein zincileri arasında iç bağlantılar oluşması sonucu oluşan sarmallara ikincil yapı, bu sarmallar arasında oluşan bağlantılar sonucu oluşan yapıya üçüncül yapı olarak değinmiştir.[1] Bu tanımlama olduça genel olduğu için eleştirilmiş[2] bu yüzden 1969'da IUPAC-IUB Biyokimyasal Adlandırma Kuralı Komisyonu, Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang'ın tanımlamasının yeterince kesin olmadığını belirterek, birincil yapıyı "polipeptit zincirdeki amino asit dizisi" olarak tanımlanmasını önermiş ve bu tanımın "kovalent yapı" tanımından farklı olduğunu ve disülfür bağları kapsamadığını eklemiştir.[3] Buna rağmen çoğu araştırmacı birincil yapıyı proteinin kovalent yapısı ile eş anlamlı saymaya devam etmiştir,[4][5] ve günümüz ders kitaplarında birincil yapının amino asit diziden oluştuğunu ve disülfür bağlarını da kapsadığı belirtilemeye devam eder.[6]
Tipik, disülfür bağları içermeyen, dallanmamış bir protein için onun kovalent yapısı, amino asit dizisine eşdeğerdir. Birincil yapının kovalent yapıya karşılık geldiği varsayılırsa, bir proteinin birincil yapısı onun atomik bileşiminin, ve bu atomları birleştiren bağların (sterokimyasal özellikleri de dahil olmak üzere) spesifikasyonudur.
İkinci ve üçüncül yapı ile ilişki
Bir proteinin birincil yapısı onun "üçüncül yapısı" olarak adlandırılan üç boyutlu yapısını büyük oranda belirler. Ancak, protein katlanması o kadar karmaşıktır ki, birincil yapıyı bilmek, proteinin ne şeklini, ne de yerel yapı elemanlarının yapılarını (sarmallar veya dönmeler gibi) öngörmeye yeter. Benzer diziye sahip olan başka proteinlerin (örneğin bir protein ailesinin diğer üyelerinin) yapısını bilmek, belli bir dizinin üç boyutlu yapısının oldukça güvenli şekilde hesaplanmasını mümkün kılar. Dizi aileleri dizi hizalaması yoluyla belirlenirler.
Kimyasal yapı
Proteinler genelde yirmi doğal amino asitin birbiriyle peptit bağları kurarak oluşturduğu polimerlerdir. Polimeri oluşturan birimlere amino asit kalıntısı (rezidü) denir. Proteinler "omurga" tabir edilen, düzenli tekrarlayan bir peptit "omurga" ve bu omurgaya bağlı farklı amino asit yan zincirlerinden oluşur. Bazı proteinlerde bu yan zincirler kimyasal değişime uğrayabilirler. Bazı yan zincirler arasında çapraz bağlar oluşabilir, bazılarına ise enzimler aracılığıyla farklı fonksiyonel gruplar eklenebilir (bakınız aşağıdaki #Kovalent değişimler bölümü).
Polipeptit zincirler yönlüdür, çünkü uçları farklıdır. Konvansiyon gereği, bir proteinin birincil yapısı onun amino (N) ucundan karboksi (C) ucuna doğru belirtilir.
Tanım
Protein yapısını birincil, ikincil ve üçüncül olarak ayrılması 1951'de Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang tarafından önerilmiştir. Linderstrøm-Lang, proteinin katlanmamış yapısına birincil yapı, protein zincileri arasında iç bağlantılar oluşması sonucu oluşan sarmallara ikincil yapı, bu sarmallar arasında oluşan bağlantılar sonucu oluşan yapıya üçüncül yapı olarak değinmiştir.[1] Bu tanımlama olduça genel olduğu için eleştirilmiş[2] bu yüzden 1969'da IUPAC-IUB Biyokimyasal Adlandırma Kuralı Komisyonu, Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang'ın tanımlamasının yeterince kesin olmadığını belirterek, birincil yapıyı "polipeptit zincirdeki amino asit dizisi" olarak tanımlanmasını önermiş ve bu tanımın "kovalent yapı" tanımından farklı olduğunu ve disülfür bağları kapsamadığını eklemiştir.[3] Buna rağmen çoğu araştırmacı birincil yapıyı proteinin kovalent yapısı ile eş anlamlı saymaya devam etmiştir,[4][5] ve günümüz ders kitaplarında birincil yapının amino asit diziden oluştuğunu ve disülfür bağlarını da kapsadığı belirtilemeye devam eder.[6]
Tipik, disülfür bağları içermeyen, dallanmamış bir protein için onun kovalent yapısı, amino asit dizisine eşdeğerdir. Birincil yapının kovalent yapıya karşılık geldiği varsayılırsa, bir proteinin birincil yapısı onun atomik bileşiminin, ve bu atomları birleştiren bağların (sterokimyasal özellikleri de dahil olmak üzere) spesifikasyonudur.
İkinci ve üçüncül yapı ile ilişki
Bir proteinin birincil yapısı onun "üçüncül yapısı" olarak adlandırılan üç boyutlu yapısını büyük oranda belirler. Ancak, protein katlanması o kadar karmaşıktır ki, birincil yapıyı bilmek, proteinin ne şeklini, ne de yerel yapı elemanlarının yapılarını (sarmallar veya dönmeler gibi) öngörmeye yeter. Benzer diziye sahip olan başka proteinlerin (örneğin bir protein ailesinin diğer üyelerinin) yapısını bilmek, belli bir dizinin üç boyutlu yapısının oldukça güvenli şekilde hesaplanmasını mümkün kılar. Dizi aileleri dizi hizalaması yoluyla belirlenirler.
Kimyasal yapı
Proteinler genelde yirmi doğal amino asitin birbiriyle peptit bağları kurarak oluşturduğu polimerlerdir. Polimeri oluşturan birimlere amino asit kalıntısı (rezidü) denir. Proteinler "omurga" tabir edilen, düzenli tekrarlayan bir peptit "omurga" ve bu omurgaya bağlı farklı amino asit yan zincirlerinden oluşur. Bazı proteinlerde bu yan zincirler kimyasal değişime uğrayabilirler. Bazı yan zincirler arasında çapraz bağlar oluşabilir, bazılarına ise enzimler aracılığıyla farklı fonksiyonel gruplar eklenebilir (bakınız aşağıdaki #Kovalent değişimler bölümü).
Polipeptit zincirler yönlüdür, çünkü uçları farklıdır. Konvansiyon gereği, bir proteinin birincil yapısı onun amino (N) ucundan karboksi (C) ucuna doğru belirtilir.
