- Katılım
- 7 Ağu 2012
- Konular
- 7,451
- Mesajlar
- 16,354
- Çözüm
- 5
- Reaksiyon Skoru
- 627
- Altın Konu
- 0
- TM Yaşı
- 13 Yıl 10 Ay 15 Gün
- Başarım Puanı
- 385
- MmoLira
- -82
- DevLira
- 0
HERAKLES Otomatik Avlı kalıcı sunucu. 19 Haziran'da açılıyor. Atius & Wizard güvencesiyle hemen kayıt ol, ön kayıt ödülleri aktif. HEMEN TIKLA!
Bakterilerdeki RNA polimeraz ile ökaryotların RNA polimeraz II'si çeşitli benzerlikler gösterirler:
bakteri RNA polimerazı β' β αI αII ω
arke RNA polimerazı A'/A B D L K +6 diğer
ökaryotik RNA polimeraz I RPA1 RPA2 RPC5 RPC9 RPB6 +9 diğer
ökaryotik RNA polimeraz II RPB1 RPB2 RPB3 RPB11 RPB6 +7 diğer
ökaryotik RNA polimeraz III RPC1 RPC2 RPC5 RPC9 RPB6 +11 diğer
Bu RNA polimerazların üç boyutlu yapıları karşılaştırıldığında bir yengeç kıskacına benzerler. Kıskacın ortasında DNA için uygun boyutta yaklaşık 25 A'lık bir aralık bulunur. Enzimin aktif merkezinde bulunan Mg iyonu kıskacın tabınındadır, bakteri polimerazında β ve β' olarak adlandırılan altbirimler kıskaçları ve tabanın bir kısmını oluşturur. Birbirinin aynı olan αI ve αII altbirimleri kıskaçların dış kısımlarındadır, biri β, öbürü β' ile temas eder. ω altbirimi β' altbiriminin oluşturduğu kıskacın tabanında, DNA bağlanma aralıpından uzaktadır. Prokaryotik altbirimlerin herbirinin üç boyutlu yapısı ile yukarıdaki tabloda ona karşılık gelen ökaryotik altbirimin üç boyutlu yapısı pek az bir farkla çakışır. Bu alt birimlerin birbirlerine göre olan konumları da prokaryotik ve ökaryotik enzimde ufak açı farklılıkları ile çakışır. Bu benzerliklerin yanısıra aşağıdaki benzerlikler de vardır:
* Her iki enzimin aktif merkezi aynı yerde (kıskacı tabanında) yer alır ve içinde bir Mg2+ barındırır.
* Her iki enzimde de RNA'nın çıkması için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.
* Her iki enzimde de RNA'ya eklenecek nükleotidin içeri girmesi için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.
* Her iki enzimin de aktivasyon faktörleri tarafından etkinleştirildiği eşdeğer konumlu bir bölge vardır.
* Transkripsiyon mekanzimasında da benzerlikler vardır. Her iki polimeraz da DNA'ya bağlanınca 14 baz çiftlik bir bölgenin açılmasına neden olur. Uzayan RNA 9-11 baz uzunluğa varınca RNA polimeraz promotörden ve başlama fakt,rlerinden kopup DNA üzerinde ilerlemeye başlar.
bakteri RNA polimerazı β' β αI αII ω
arke RNA polimerazı A'/A B D L K +6 diğer
ökaryotik RNA polimeraz I RPA1 RPA2 RPC5 RPC9 RPB6 +9 diğer
ökaryotik RNA polimeraz II RPB1 RPB2 RPB3 RPB11 RPB6 +7 diğer
ökaryotik RNA polimeraz III RPC1 RPC2 RPC5 RPC9 RPB6 +11 diğer
Bu RNA polimerazların üç boyutlu yapıları karşılaştırıldığında bir yengeç kıskacına benzerler. Kıskacın ortasında DNA için uygun boyutta yaklaşık 25 A'lık bir aralık bulunur. Enzimin aktif merkezinde bulunan Mg iyonu kıskacın tabınındadır, bakteri polimerazında β ve β' olarak adlandırılan altbirimler kıskaçları ve tabanın bir kısmını oluşturur. Birbirinin aynı olan αI ve αII altbirimleri kıskaçların dış kısımlarındadır, biri β, öbürü β' ile temas eder. ω altbirimi β' altbiriminin oluşturduğu kıskacın tabanında, DNA bağlanma aralıpından uzaktadır. Prokaryotik altbirimlerin herbirinin üç boyutlu yapısı ile yukarıdaki tabloda ona karşılık gelen ökaryotik altbirimin üç boyutlu yapısı pek az bir farkla çakışır. Bu alt birimlerin birbirlerine göre olan konumları da prokaryotik ve ökaryotik enzimde ufak açı farklılıkları ile çakışır. Bu benzerliklerin yanısıra aşağıdaki benzerlikler de vardır:
* Her iki enzimin aktif merkezi aynı yerde (kıskacı tabanında) yer alır ve içinde bir Mg2+ barındırır.
* Her iki enzimde de RNA'nın çıkması için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.
* Her iki enzimde de RNA'ya eklenecek nükleotidin içeri girmesi için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.
* Her iki enzimin de aktivasyon faktörleri tarafından etkinleştirildiği eşdeğer konumlu bir bölge vardır.
* Transkripsiyon mekanzimasında da benzerlikler vardır. Her iki polimeraz da DNA'ya bağlanınca 14 baz çiftlik bir bölgenin açılmasına neden olur. Uzayan RNA 9-11 baz uzunluğa varınca RNA polimeraz promotörden ve başlama fakt,rlerinden kopup DNA üzerinde ilerlemeye başlar.
